Omawiając zagadnienie kwalifikowalności należy przede wszystkim odróżnić pojęcia kwalifikowalności projektów i kwalifikowalności wydatków poniesionych w ramach realizacji projektów.
W ramach określania kwalifikowalności wydatków, ponoszonych w projektach wyodrębnia się ich dwa rodzaje:
- wydatki które zostaną zrefundowane ze środków unijnych (wydatki kwalifikowalne),
- wydatki które nie zostaną zrefundowane (wydatki niekwalifikowane).
Rozporządzenie Rady nr 1260/1999 zawiera przepisy wyznaczające podstawowe zasady dotyczące działania funduszy strukturalnych, w tym dotyczące kwalifikowalności (art. 30 Kwalifikacje). W Rozporządzeniu 448/2004 z dnia 10 marca 2004 r. zmieniającym rozporządzenie Komisji nr 1685/2000 w sprawie szczegółowych zasad wdrażania rozporządzenia Rady nr 1260/1999 w zakresie uznawania wydatków na działania współfinansowane z funduszy strukturalnych, w dwunastu Zasadach zostały szczegółowo uregulowane kwestie kwalifikowania (uznawania) wydatków refundowanych współfinansowanych z Funduszy Strukturalnych. Ponadto w załącznikach do Uzupełnień Programów Operacyjnych znalazły się zasady kwalifikowalności wydatków, określane w odniesieniu do terminów ich ponoszenia, podmiotu, który je ponosi oraz kategorii wydatków związanych z realizacją projektu.
W przypadku pytań i wątpliwości w zakresie kwalifikowalności w ramach funduszy strukturalnych należy kierować je do instytucji zgodnie z podanymi niżej wytycznymi. Poniższy podział jest uzasadniony koniecznością realizacji zasady subsydiarności i optymalizacji pracy poszczególnych Instytucji jak i całego systemu zarządzania i wdrażania funduszy strukturalnych.
-
Beneficjent kieruje pytania do Instytucji Wdrażającej.
-
Instytucja Wdrażająca kieruje pytania do Instytucji Pośredniczącej lub w przypadku jej braku do Instytucji Zarządzającej.
-
Instytucja Pośrednicząca kieruje pytania do Instytucji Zarządzającej.
-
Instytucja Zarządzająca Programem Operacyjnym kieruje pytania do Instytucji Zarządzającej Podstawami Wsparcia Wspólnoty.